Về mặt địa chất, hồ này được tạo thành sau kỷ băng hà chót, khoảng 10.000 năm trước; khi băng tan ra, toàn bộ chiều ngang của Thụy Điển bị chìm trong nước, tạo ra một eo biển giữa Kattegat và Vịnh Bothnia. Do isostatic rebound[2] tiếp theo sau, các hồ như Vänern và Vättern trở thành khép lại. Kết quả là, vẫn còn nhiều loài sinh vật từ kỷ băng hà mà thông thường không gặp thấy ở các hồ nước ngọt, chẳng hạn như amphipod (động vật giáp xác chân 2 kiểu) Monoporeia affinis[3]. Một tàu Viking cũng đã được tìm thấy ở đáy hồ này ngày 6.5.2009.

Một chuyện do nhà chép thần thoại người Iceland ở thế kỷ 13 Snorri Sturluson thuật trong quyển Prose Edda của ông về nguồn gốc hồ Mälaren dường như bắt đầu về hồ Vänern: vua Gylfi của Thụy Điển hứa cho một phụ nữ - Gefjun - rằng ông sẽ cho cô vùng đất mà bốn con bò có thể cày trong một ngày một đêm, nhưng cô đã sử dụng các bò từ vùng đất của những người khổng lồ, và hơn thế nữa còn xúc đất và đem đổ xuống biển, nơi mà nó đã trở thành đảo Zealand của Đan Mạch. "Snorra Edda" cho biết rằng các vịnh nhỏ trong hồ này tương ứng với các mũi đất ở đảo Zealand[4]; vì đây là chuyện khá thực của hồ Vänern, nên huyền thoại trên có lẽ ban đầu nói về hồ Vänern, chứ không phải hồ Mälaren.[5]